Zwei der vier Gotteshäuser, die Fürsterzbischof Graf Thun vom Architekten Jo-hann Bernhard Fischer von Erlach errichten ließ, Kollegienkirche und St. Markus, prägen das barocke Bild der Stadt Salzburgs wesentlich mit. Weitere bedeutende Bauten in seinem Auftrag: Schloss Kleßheim und Maria Kirchental.
Der Bau des St.-Johanns-Spitals – auf eigene Kosten – war überhaupt eine seiner sozialen Großtaten: „Für Kranke, Pilger, mittellose Studenten und andere Arme.“ Hallein sollte das Salz liefern. Dem ersten Patienten wusch der Fürst selbst die Füße.
Der Erzbischof stiftete das Priesterhaus (vor 325 Jahren), den militärischen Ruperti-Ritterorden, das Erziehungsinstitut Virgilianum. Er berief die Ursulinen hierher, zu deren Schule am Bürgelstein er die Mädchen anfangs in Hofwägen abholen ließ. Er beteiligte sich gewinnbringend an der „Holländisch-indischen Handelskompanie“: Frucht dessen war der Erwerb eines Glockenspiels in Antwerpen für den Turm des Neugebäudes. In Aich bei St. Gilgen wurde eine Glashütte errichtet. Aus Venedig holte sich Thun zwei „Mohren“, wobei sich einer als Pauker in der Hofmusik profilierte.
Johann Ernst‘ Halbbruder Guidobald von Thun, beide aus dem Trienter Grafengeschlecht, wirkte als sein Vorvorgänger in Salzburg. Er selbst war schon ab 1679 bis 1687 Bischof von Seckau. Von 1687 bis 1709 wirkte Johann Ernst Graf von Thun und Hohenstein als Fürsterzbischof von Salzburg. Er schuf die Seelsorgsstationen in St. Andrä, Nonntal und Gnigl in Salzburg sowie in Ebenau und Hüttau. Apostolischer Eifer ist ihm also nicht abzusprechen. Ketzerische Bücher wurden einkassiert, Auslandsreisen in nicht katholische Orte waren meldepflichtig. Das Domkapitel beschnitt er in seinen Rechten, aus dem Konsistorium entfernte er die Laien. Erstmals gab es die „Pfarrerprüfung“. Die Universität musste sich auf die „Unbefleckte Empfängnis Mariens“ einschwören. Die Kinder sollten zu ihren Eltern nicht „Du“ sagen. Der Erzbischof galt alles in allem bei seinen Schäfchen als sparsam, gerecht und mildtätig, nur seine Jagdleidenschaft missfiel doch vielen. Bleibend sind jedenfalls seine Stiftungen.
Da gerade am barrierenfreien Zu-gang zur St.-Johannes-Kirche gearbeitet wird, ist der Zugang zur Krypta unterhalb der Kirche für kurze Zeit offen. Dazu Pfarrer Josef Pletzer, der für die Spitalskirche verantwortlich ist: „Dieses kleine versteckte Juwel der Salzburger Kirchen- und Architekturgeschichte ist ein Ort der Ruhe und des Friedens im wahrsten Sinne des Wortes.“ Am 20. April feierte Pletzer im kleinen Kreis einen Gedenkgottesdienst zum 315. Todestag. Der Fürsterzbischof verfügte einst über eine besondere Aufteilung seiner irdischen Hülle: Sein Herz ruht in der Dreifaltigkeitskirche, die Eingeweide in der Spitalskirche, während sein Gehirn in der Kollegienkirche der Universität aufbewahrt wird. Sein Leichnam wurde in der Domkirche beigesetzt.
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